近年来，中国的执政党实事求是地调整了执政理念和经济方针。2003年提出放弃单纯追求GDP，强调科学发展观所内涵的循环经济、有效经济；2005年提出资源节约、环境友好；2007年进一步提出“生态文明”理念。据此改变了1956年因国家工业化需求而确立的“农业现代化”指导思想，提出：“发展现代农业是建设新农村的首要任务”；其中的对农业本体论做出的调整是：“农业不仅具有食品保障功能，而且具有原料供给、就业增收、生态保护、观光休闲、文化传承等功能。建设现代农业，必须注重开发农业的多功能性”。

2007年中央一号文件甫一出台，就有海外学者积极评价：中国终于出台了类似欧盟、日本的农业保护政策。接着，国务院批准把农业污染列入全国污染普查。2008年7月，国务院首次召开全国农村环保会议，强调“统筹城乡经济社会发展和环境保护，切实把农村环保放到更加重要的战略位置”。

这种情况下，各地、各相关部门本该“与时俱进”地调整以往过分强调农业的产业化和现代化的政策思路，把农业的政府导向转向到生态农业、现代农业上来。然而，几十年来，与农业污染和食品质量问题相关的投入品和产出品的加工、贸易、技术、宣传媒介等产业资本已经在这种生产方式之中形成了复杂的利益关系，不可避免地对其后的发展和制度变迁形成路径依赖，各种利益集团及其代表都确实难以为生态文明和人类的可持续发展让出眼前利益。

因此，现代农业不仅是技术问题，而是涉及到技术、政策、管理等，乃至于自然科学领域的多方面的多学科交叉问题。

任何制度变迁都有成本，诺思认为，对路径依赖起决定作用的是制度背后的利益得失。当前，发展现代农业的最大难点是如何最低成本地调整现有的利益格局，即弱化原有与农业产业化利益相关集团的阻力，建立有利于生态农业发展的利益导向。

此外，在非农产业大量吸纳农村剩余力的大环境下，农业生产者因其劳动力要素重新定价，宁愿放弃单纯农业生产的效益最大化而大量使用化学品来替代劳动，这是发展生态农业的一个重要的不利因素。因此，发展多功能生态化农业，除了要大力破除既得利益集团的阻力外，还应配套其他的激励机制：

第一，在生产环节，应考虑建立公共财政为主的生态价值补偿机制。这在理论上已无可争议，实践中的最大难点是政府如何克服与分散小农之间过高的交易成本。往往，在交易成本的难题面前，有自身利益取向的政府部门选择与产业资本和农村精英合作，一方面导致公共资源被“精英俘获”，另一方面无法激励普通农户的环境意识，而生产者自我约束在发展生态农业中是非常重要的。